Bei mir wurden alle Schlüssel dazu gebraucht, also gleichzeitig, in meinem Fall waren das 2 Funkschlüssel und 1 Notschlüssel. Hat aber so dann ohne Probleme funktioniert. Entweder kann deine Werkstatt das einfach nicht(kennen nicht die genaue Vorgehensweise), oder es liegt tatsächlich ein Defekt vor.
Das Programmieren der Schlüssel allein, hat bei mir 50 Euro gekostet. Happig, aber hat auf Anhieb funktioniert. Vielleicht eine andere Werkstatt aufsuchen?